Salmokji: Karanlık Sular, bir baraj gölünde kaydedilen görüntülerde ortaya çıkan gizemli bir silüetin peşine düşen çekim ekibinin yaşadığı korkunç olayları konu ediyor. Salmokji Baraj Gölü'nde gerçekleştirilen çekimlerin ardından görüntüleri inceleyen Su-in ve ekibi, kayıtlarda açıklayamadıkları esrarengiz bir figür fark eder. Görüntülerin kaynağını araştırmak ve eksik kalan sahneleri yeniden çekmek amacıyla bölgeye dönmeye karar veren ekip, başlangıçta kendilerini sıradan bir iş gününün beklediğini düşünür. Ancak göle ulaşmalarıyla birlikte yaşanan tuhaf olaylar, planlarının bekledikleri gibi ilerlemeyeceğini gösterir. Çevrelerinde meydana gelen açıklanamayan gelişmeler ve giderek artan huzursuzluk, kayıtlara yansıyan silüetin yalnızca bir görüntü hatasından ibaret olmayabileceği şüphesini güçlendirir. Gölün çevresindeki sessizlik ve tekinsiz atmosfer, ekip üyelerinin korkularını derinleştirirken yaşananların tesadüf olup olmadığı da giderek belirsizleşir. Su-in ve arkadaşları, karşılaştıkları olayları anlamlandırmaya çalıştıkça bölgenin göründüğünden çok daha tehlikeli olabileceğini fark eder. Başlangıçta görüntülerdeki gizemi çözmeye odaklanan ekip için öncelik artık hayatta kalmak ve gölden uzaklaşmaktır. Ancak bölgeden ayrılmaya yönelik her girişim, onları güvenliğe ulaştırmak yerine kaynağını anlayamadıkları karanlık bir gücün etkisine daha fazla sürükler. Gölün etrafında yaşanan ürkütücü gelişmeler, ekip üyelerinin birbirlerine duydukları güveni de sarsmaya başlar. Kimin ne gördüğünden emin olamadığı bu ortamda korku, yalnızca karşılarında beliren esrarengiz varlıktan değil, yaşadıklarını açıklayamamaktan da beslenir. Gerçekle hayal arasındaki sınırlar bulanıklaşırken Su-in, görüntülerde fark ettikleri silüetin ardındaki sırrı çözmenin bölgeden kurtulabilmeleri için tek yol olabileceğini düşünür. Fakat her yeni gelişme, gölün sakladığı gizemin tahmin ettiklerinden çok daha ürkütücü olduğunu hissettirir. Çekim yapmak için geldikleri yer, kısa sürede her adımlarını dikkatle atmak zorunda kaldıkları bir kabusa dönüşür. Ekip üyeleri, bir yandan kendilerini takip ettiğini düşündükleri görünmeyen tehditle mücadele ederken diğer yandan yaşadıkları korkunun kararlarını etkilemesine engel olmaya çalışır. Gölden uzaklaşma umutları giderek azalırken, başlangıçta yalnızca kameraya yansıyan bir silüetten ibaret olan gizem, herkesin yaşamını tehdit eden bir tehlikeye dönüşür. Su-in ve ekibi, karanlık suların çevresinde sıkışıp kaldıkları bu korkunç deneyim sırasında, bazı sırların ortaya çıkarılmasının beklenmedik sonuçlar doğurabileceği gerçeğiyle yüzleşir.
